Komórkami organizacyjnymi Centrum są:
- Biuro Analiz i Reagowania
- Biuro Logistyki i Finansów
- Biuro Planowania Cywilnego i Ochrony Infrastruktury Krytycznej
- Samodzielny Wydział Ochrony i Kontroli
W Centrum funkcjonuje także samodzielne stanowisko do spraw obsługi legislacyjnej.
