Do zakresu działania Samodzielnego Wydziału Ochrony i Kontroli należy m.in:
- zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym stosowania środków bezpieczeństwa fizycznego w siedzibie Centrum;
- opracowanie planu ochrony informacji niejawnych i nadzorowanie jego realizacji;
- zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacjie niejawne;
- zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka;
- opracowywanie dokumentacji bezpieczeństwa niejawnych systemów teleinformatycznych, administrowanie tymi systemami i utrzymywanie ciągłości ich funkcjonowania, z wyłączeniem Systemu Niejawnej Poczty Internetowej OPAL;
- prowadzenie szkoleń w zakresie ochrony informacji niejawnych;
- kontrola ochrony informacji niejawnych i innych informacji ustawowo chronionych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji;
- wykonywanie zadań administratora bezpieczeństwa danych osobowych wynikających z przepisów ustawy o ochronie danych osobowych;
- koordynowanie funkcjonowania systemu Elektronicznego Zarządzania Dokumentacją;
- planowanie, organizowanie oraz realizowanie kontroli wewnętrznej w Centrum;
- prowadzenie zleconych postępowań w sprawach szkód w mieniu oraz innych postępowań wyjaśniających;
- przygotowywanie dla podmiotów zewnętrznych zleceń audytu określonych obszarów funkcjonowania Centrum oraz koordynowanie czynności kancelaryjno – biurowych na rzecz kontroli zewnętrznych;
- inicjowanie i realizacja przedsięwzięć zapewniających bezpieczeństwo fizyczne siedziby Centrum oraz współpraca w tym zakresie z właściwymi komórkami organizacyjnymi Kancelarii Prezesa Rady Ministrów i Służbą Ochrony Państwa;
- organizowanie przedsięwzięć w ramach systemu kontroli zarządczej oraz sprawowanie nadzoru nad skutecznością działania tego systemu i prawidłowością wykorzystania sygnałów pochodzących z prowadzonych działań kontrolnych;
- wykonywanie zadań koordynatora w realizacji Rządowego Programu Przeciwdziałania Korupcji.
